HUBMed

PubMed, si sa, è ricchissimo ma non così intuitivo per il ricercatore alle prime armi o lo studente che si trova a dover affrontare la ricerca bibliografica per la tesi. Hubmed interroga Pubmed ma con un'interfaccia molto più amichevole e con possibilità che PubMed non offre

Il vantaggio è che si può partire da un termine molto generico (ad es. biomaterials) e raffinarlo successivamente con molta facilità. Tra le tante funzionalità:

• History e clipboard
• la possibilità di vedere l'abstract e il record inPubMed
• i feed rss
• l'esportazione diretta in Refworks
• la possibilità di generare grafici
• la possibilitò di vedere i MESH e i termini correlati (attraverso l'icona cluster search results)
• la possibilità diestendere la ricerca a Scholar Google e Scirus
• e molto altro…

Per saperne di più consulta la guida in linea

Un articolo che fornisce una panoramica sul servizio e su tutte le sue funzionalità:

Almost Everything About HubMed

Ulteriori funzionalità (citazione da Hubmed):

Quick access to searches with a Firefox search plugin or a HubMed bookmarklet (drag to your browser's bookmarks toolbar).

Export citations in RIS, BibTeX, RDF and MODS formats, or directly to RefWorks. Unzip HubMed's import filter into Endnote's Filters folder for direct import into Endnote, or install the RIS Export plugin for direct import into ProCite, RefMan and older versions of Endnote.

Use the Citation Finder to convert reference lists from PDFs into search results.

Create lists of closely related papers using Rank Relations, then visualise and browse clusters of related papers using TouchGraph (requires Java).

Graph occurrences of keywords in published papers over time.

Tag and store annotated metadata for articles of interest.

Saper cercare nella letteratura e nelle risorse disponibili su Internet è una cosa importante per ogni scienziato o studente: tuttavia non si tratta di una cosa banale, ed esistono molti servizi e sistemi diversi, ognuno con i propri vantaggi e svantaggi. Si può accedere ad hubmed tramite l'indirizzo http://hubmed.org. Questo url non è troppo difficile da ricordare, basta confrontarlo con quello del suo omologo su NCBI, ossia http://pubmed.org. Uno dei servizi più utili offerto da hubmed è la possibilità di utilizzare una speciale sintassi per la ricerca, chiamata Lucene. Andate sulla pagina principale di hubmed.org e selezionate, poco sotto alla maschera di input, la voce 'Sort by Relevance' al posto di 'Sort by Date'. Dovrebbe comparire, poco più in basso, la scritta 'Use Lucene Syntax'. Questa sintassi permette di eseguire ricerche fuzzy sullo stesso database di pubmed. Cosa vuol dire? Nel caso degli articoli scientifici, che possiamo cercare un termine senza conoscerne bene lo spelling, o che possiamo trovare tutti i termini grammaticalmente simili. Per esempio, immaginiamo di voler investigare su Schizosaccharomyces Pombe e di non ricordarci bene come si scrive: possiamo usare la query: - “Schizosaccharomyces”~0.8 (notare la tilde ~ che è l'operatore per le ricerche fuzzy, ed il valore 0.8, che indica il cut-off entro il quale accettare o meno un termine) e hubmed ci troverà tutti gli articoli che contengono parole simili a Schizosaccharomyces, il che correggerebbe qualsiasi errore di scrittura da parte nostra. Questo sistema può essere usato anche per distinguere singolare e plurale di un termine, sebbene nella stessa sintassi Lucene siano implementati anche dei caratteri wildcard come ? e *, che forse sono più semplici da utilizzare. Un altro vantaggio reso possibile da questa sintassi è la ricerca di prossimità. Immaginiamo di dover cercare tutti gli articoli in cui due termini sono vicini, entro un certo numero di caratteri. Per esempio, potremmo essere interessati alla correlazione tra lo zinco e l'invecchiamento, ed in questo caso potremmo provare una query del genere, su hubmed: - “zinc age”~6 che indica al motore di ricerca di trovare tutti gli articoli in cui le parole 'zinc' e 'age' si trovano entro 6 o meno parole di distanza. Una volta eseguita una ricerca su un termine, spesso è utile ripeterne subito un'altra simile, modificando leggermente i termini o aggiungendone altri correlati. Hubmed ci viene in aiuto anche in questo caso: provate a ricercare 'alternative splicing', e quando i risultati sono stati presentati, premete sul primo dei tre bottoncini che appaiono a destra del pulsante 'search', in alto. Dopo un po' apparirà una lista di termini correlati e di possibili abbreviazioni per 'alternative splicing'. Se utilizzate le eutils di entrez, messe a disposizione dell'NCBI, sapete cosa è appena successo: hubmed ha effettuato una richiesta al motore utilizzato anche da pubmed per ottenere una lista di termini simili a quello richiesto. Un altro servizio utile è quello della clusterizzazione dei risultati, attivabile tramite il secondo pulsante a destra della maschera di ricerca, ossia quello a fianco del bottoncino che avete appena premuto per l'espansione dei termini. La clusterizzazione è una tecnica di intelligenza artificiale vagamente ispirata alla psicologia (anche noi quando siamo bambini, 'clusterizziamo' le informazioni con cui veniamo in contatto, senza che nessuno debba spiegarcele esplicitamente). Questa funzione suddivide gli articoli trovati in categorie, identificando delle particolari parole chiave presenti nel loro testo e cercando di disporli nel numero di classi più logico. Essendo automatica la clusterizzazione a volte può dare dei risultati un po' strani, ma il più delle volte è soddisfacente e permette di avere un riepilogo abbastanza conciso sui campi di ricerca più importanti nei quali si suddivide l'argomento sul quale stiamo cercando informazioni. L'ultimo dei tre bottoncini a destra del bottone di ricerca permette di interrogare MeSH, che è il database di termini scientifici intorno al quale sono costruiti pubmed e gli altri database di NCBI. Grazie ad esso possiamo risalire facilmente alle definizioni dei termini che stiamo cercando: ed in generale è una buona abitudine controllarle, in modo da essere sicuri di non eseguire una ricerca scorretta. Uno dei servizi più curiosi tra quelli offerti da hubmed è TouchGraph, un tool scritto in Java che permette di rappresentare tramite un particolare tipo di grafo (un dendrogramma) gli articoli richiesti, mettendo in evidenza le citazioni reciproche. Per attivarlo dovete andare in fondo alla pagina e cliccare sul pulsante 'TouchGraph', subito sotto gli ultimi risultati. Partirà una applet in Java un po' pesante, ma che alla fine mostrerà il vostro grafo, che potete espandere e modificare utilizzando il mouse. Sinceramente mi sono sempre chiesto se questo servizio sia veramente utile o meno ;). Individuando gli articoli più citati potete risalire a quelli più importanti sull'argomento, come quelli che introducono particolari scoperte o teorie e le review migliori; ed in generale gli screenshot di questo grafo possono essere utilizzati come delle buone illustrazioni per una presentazione. Però, per navigare nelle citazioni esistono strumenti più potenti, come CiteSeer, o, volendo, google/scholar. I servizi forniti da hubmed non finiscono qui: per esempio, avete a disposizione una clipboard per segnarvi gli articoli di interesse; e registrandovi (gratuitamente) potete provare il sistema di rss, che vi permette di essere informati istantaneamente di qualsiasi novità sulla stessa ricerca. Per chi non lo conoscesse, l'rss è un particolare tipo di formato ideato per le notizie e gli aggiornamenti sul web, che potete utilizzare per fare in modo che il vostro computer vi tenga aggiornati su nuovi articoli corrispondenti alla ricerca in vari modi, dal farvi comparire un messaggio sullo schermo (alcuni lettori di RSS come Liferea), mostrarveli sul vostro programma di navigazione su Internet (un browser come Firefox o Opera), farvi inviare una mail, e così via. Inoltre, se osservate attentamente la pagina dei risultati, potete notare che vengono messi a disposizione molti collegamenti veloci per ripetere la ricerca con altri database o altri motori, come per esempio Scopus, Scirus, XplorMed, Pubmed, e così via. L'ultima cosa da far notare è la possibilità di esportare le proprie ricerche in vari formati, dal LaTeX al formato ris per EndNote.